如果就是添加刪除或者是加載等操作是不會影響你得到的點文件的精度的。應該就是你手持機自己的來自誤差和底圖（原圖）的誤差，你校正下底圖，如果誤差還是很大，要么重新去實地勘測下，要么手動修正吧。
另外你說的投影變換也可以試試七參數，這樣求解之后的轉換比較準點。但這個引起的誤差不至于像你說的“很大”，我估計還是手持機和底圖的問題。
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我覺得誤差大可能不只是投影的問題，還有可能是數據采集時的精度限制。手持GPS本身精度就有限，尤其是在遮擋多的地方比如樹林、山溝，信號跳動厲害，采集的點本身就存在幾米到十幾米的偏差。再加上MAPGIS處理過程中如果控制點選得不準，或者投影變換參數設置不合理，誤差就會進一步放大。建議你在開闊地帶重新采幾個已知點驗證一下，再檢查投影設置是否和原圖匹配
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100萬的地圖本身精度就有限，細節表現能力差，而你用手持GPS采集的是實地坐標，精度相對高一些，兩者疊加本身就容易看起來對不上。再加上不同來源的數據可能存在制圖綜合、縮編等問題，地物位置已經過調整。所以即使投影正確，視覺上也會覺得偏移嚴重。建議換用更大比例尺的地圖做對比，比如1:10萬或1:5萬的圖，結果會更可靠
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100萬的地形圖用的是北京54或者西安80這類投影坐標系，直接疊加肯定對不上。建議你先確認原始圖件的坐標系統，然后在MAPGIS里做準確的坐標轉換，尤其是高斯克呂格投影參數要設置對，帶號也不能錯，不然誤差幾十米都很正常
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我之前做項目也碰到類似情況，最后發現是MAPGIS里的工作區范圍和單位設置有問題。雖然做了投影變換，但如果工作區范圍太大或單位沒設成米，會導致坐標解析出錯，點位亂飄。還有就是添加到圖上時圖層沒有正確配準，或者地圖本身的坐標信息丟失了。建議你先把點文件單獨用正確的投影參數輸出一遍，再用MAPGIS的鑲嵌融合模塊精確配準底圖，同時檢查每個步驟的坐標參數是否一致，尤其是橢球體和投影類型不能搞混